Если вы используете шорткод [recent_products] и вам необходимо что бы в выводимых товарах не показывалось те что нету в наличии. Добавте этот код в файл function.php вашей темы.

add_filter( 'woocommerce_shortcode_products_query', 
function( $query_args, $atts, $loop_name ){
    if( $loop_name == 'recent_products' ){
        $query_args['meta_query'] = array( array(
            'key'     => '_stock_status',
            'value'   => 'instock',
            'compare' => 'LIKE',
        ) );
    }
    return $query_args;
}, 10, 3);

Тогда не будут показыватся товары которых нету в наличии в данном шорткоде.