Каким бы не был хороший интернет-магазин, но показывать товары которых нету в наличии вверху — не очень логично и тут у нас возникает задача, товары которых нету в наличии опустить в самый вниз, а товары которые есть — вверх. Для этого зайдем в function.php вашей темы и добавим такой кусок кода:

add_filter( 'woocommerce_get_catalog_ordering_args', 'mihanwp_sort_by_stock', 9999 );

function mihanwp_sort_by_stock( $args ) {
    $args['orderby'] = 'meta_value';
    $args['order'] = 'ASC';
    $args['meta_key'] = '_stock_status';
    return $args;
}